清光绪五年(1879)十二月十三日生于北京。3岁丧父,从北京父亲官邸返回家乡,8岁入学,1897年,19岁参加乡试名列第一,中举人。光绪三十一年(1905)冬,毕业于广东饶平师范学堂。宣统二年(1910)赴北京殿试,名列文科第二。任建郡中学堂(今南城一中前身)监督(校长),大力整顿校务,添置设备,广络人才,校内气象一新。后任江西省视学。他一向关心时局,留意新学,反对清朝统治,先后在蔡元培、章太炎主办的《警钟日报》、友人铁姗创办的《晓钟日报》及于右任的《民呼报》上撰文鼓吹革命。武昌起义爆发时,任《江西民报》(原名《自治日报》)主笔,率先登载武昌起义与九江响应独立的文件布告,亲撰社论《满城风雨近重阳》,以犀利的文锋、深邃的剖析,呼出“满清政府从此长辞矣”而震惊报坛。同时,积极参与筹划江西独立事宜,主持南昌地区各界联席会议,对南昌光复有一定贡献。
1912年,作为江西代表之一赴南京拜谒孙中山,汇报江西光复情况。回来后任省民社副支部长。次年,当选为国会众议院议员,兼宪法起草委员会委员,主编《醒华报》。此后,出任四川将军署秘书长、巡按署秘书、政务厅厅长。1917年,赴广州参加非常国会,受孙中山之命任川滇劳军使,前往调停川、滇两军。随后,任军政府列席(zheng zhi)会议秘书兼交通部主任秘书,参谋部秘书长。1919年,出任国会宪法起草委员会理事兼书记长,主持起草宪法,至1924年北伐开始时止。
1929年,转向投身实业。先后充任浙江长兴煤矿、湖北鄂城铁矿、江西乐平锰矿董事会常务理事。后因时局动荡,外商背信弃约,3个企业先后倒闭。
1930年秋,到庐山。经过认真调查、亲身履勘、广泛咨访、查阅典籍档案资料,并邀请著名科学家胡先骕、李四光一起,历时4年,完成了《庐山志》稿并付印。《庐山志》中设有7纲12卷30目,其中“山政”一纲,汇记了庐山的纵横之史迹,叙述山上各租借地诸交涉案,以及行政机构、教育、礼俗、方言等与(zheng zhi)相关的内容。此纲的设置,在中国山志纂修史上实属首例。同时,参与校订《清史稿》。
1936年秋,应聘为中山大学研究院与文学院教授,专门讲授《清史》、《中国民族同化史》、《方志学》等课程。1939年,任西南联大教授,讲授《通史》、《中国文化史》、《清史》、《七十年来中日交涉史》等课程。
1940年12月,应约为重修《江西通志》筹备委员会主任、《江西通志》馆馆长兼总纂、江西省文献委员会主任委员,直到1949年2月。在主持《江西通志》纂修的10年中,克服了因时局变迁出现的行政上、人事上、馆址上、经济上的诸多困难,一如既往地搜集、整理资料,制订出编纂方案、大纲、体例,并重视旧志材料的运用和最新科学技术及其成果的应用,聘用各学科的专家、学者共同参与,编成了多种地方志专稿。铅印或油印成《江西明、清两代之民族问题》、《江西新人物志稿》、《江西八十三县历代沿革地图集》、《辛亥革命光复大事记长篇》等10余种。新编志稿体例新颖、内容丰富、史料翔可靠,有所创新。他主张“修志以实用为归”,“重在实学。”
解放前夕,为避免《江西通志》稿件的散失,将资料运到南丰保存,新中国建立后,将全部档案、图籍、资料和志稿运回,交给江西省文物管理委员会收藏。1950年1月,受聘为江西省人民政府参事室参事。1951年11月,吴宗慈因患血管硬化症医治无效去世。