主要成就
北宋期间的王安石变法，虽然在颁布后都产生了或大或小的弊端，但还是极大地促进了社会的发展，神宗时期国家收入进一步提高，一定程度上抑制了豪强地主的兼并势力，并依靠军事制度上的几个行之有效的改革取得了如熙河开边等军事成就。
作为王安石变法的第二号人物，吕惠卿在变法革新中发挥了重要的作用。熙宁初年，吕惠卿任”制置三司条例司”的“检祥文字”，“事无大小，安石必与惠卿谋之；凡所建请章奏，皆惠卿笔也。”熙宁初年间均输法、青苗法、市易法、免役法等法令的颁布，他都有重要的参与。王安石曾说：“法之初行，议论纷纷，独惠卿与布（曾布）终始不易，余人则一出焉一入焉尔！”
主管司农寺期间，“主行常平、农田水利、免役、保甲诸法”，工作出色，成绩卓著，神宗皇帝赞曰：“吕惠卿言农行 ，事甚善，然尚未了五分，若司农，即天下事大定矣。”
吕惠卿主持国子监期间，积极建议学校挑选贡举，选通经术、谙政事的人主判太学，以有学行艺术者为教授。与此同时，在全国各地设立学校。王安石接受他的意见，罢停制举，整顿学校，从中央至地方，学官、教授全改由经过中书或国子监选择之人充任。
他主管军器监时，经一番整顿，裁定中外所献(qiāng)刀样式，规定(qiāng)刀质量标准， 又编制《弓箭》一书，供制造弓弩参照。自此，所制兵械精利，改善了宋军的武器装备，增强了抵御能力。
在吕惠卿任职参知政事期间，继续推动新法的进行，不仅废罢了制科，还保证了市易法的继续推行。两次灾荒（1073-1974年）期间，吕惠卿等变法派在汴京粜卖了数以万计的粮食，稳定了京师居民的生活。尤其是在河北、江浙等为地区，利用贮的青苗钱米，募集受灾农民兴建水利和从事其他工役，度过灾荒。
吕惠卿守边时，推广了置将法等新法，并改变了许多现象——“陕西缘边汉蕃兵各自为军，每战则以蕃部为先锋，而汉兵城守，伺便乃出战。惠卿始合之为一，先搜补守兵而出其选以战，随屯置将，具条约上之。“吕惠卿守边期间还在元丰八年（1085年）和绍圣三年（1096年）取得了两次大的胜利。
人物生平
嘉佑二年（1057年），吕惠卿登进士，任真州推官。任期满后进入京城，拜见王安石，与王安石讨论经义时意见有许多相合的地方，二人因此订交。
熙宁二年（1069年），设置“制置三司条例司”，以指导新法的施行，吸收了大批有志改革之士，并以王安石和陈升之总领其事。此时吕惠卿正任集贤殿校勘，编校集贤殿的书籍，王安石因和吕惠卿友好，因此向宋神宗进言推荐吕惠卿：“吕惠卿的贤能，岂止在当今之人中出类拔萃，即使是前世大儒也不是能轻易比得过的。学习先王的道理而能用于今世的，只有吕惠卿一人而已。吕惠卿因而被任命为检祥文字，凡事不分大小王安石必定和他商议，凡是王安石所上涉及变法的奏章都出自吕惠卿的手笔。吕惠卿因此成为新党核心，当时之人称王安石为孔子，吕惠卿为颜渊。熙宁二年（1069年）九月，吕惠卿被提拔为太子中允、崇政殿说书、集贤校理、判司农寺。
新旧党争
同年十月，司马光入宫奏对，宋神宗向他询问对群臣的意见，至吕惠卿时，司马光上谏说：“吕惠卿此人邪佞不是良士，都是因为他的作为才让王安石招致朝野的诽谤。王安石贤良却固执，又不谙世务，吕惠卿谋划变法的方略，并通过王安石极力推行，因此让天下人认为王安石也是奸臣。近来官吏的提拔又不按次序进行，致使众臣工非常不满。”神宗说：“吕惠卿进献对策条理明晰，确实像是美材。”司马光答曰：“吕惠卿确实文采出众，思辨明慧，但是用心不正，但愿陛下能慢慢考察他，江充和李训这一类人如果没有才能，如何能打动人主？”宋神宗默然不语。
司马光又给王安石写信说：“吕惠卿是掐媚阿谀之人，对您现在而言确实有顺从合意之感，一旦您失势，必定将出卖您以换取利益。”王安石为此言感到不悦。
拜为副相
熙宁三年（1070年）九月，吕惠卿因为他父亲离世而去职，守孝结束后，他又被任命为天章阁侍讲、同修起居注，后又升为知制诰，判国子监。熙宁六年（1073年）四月，设置经义局，负责编撰《诗》、《书》、《周礼》三书的经义，王安石为提举，吕惠卿和王安石之子王雱一同修撰《三经新义》。吕惠卿后又被任命为知谏院，翰林学士。
熙宁七年（1074年）四月，以郑侠向神宗进献灾民图为导火索，在朝野的非议乃至慈圣和宣仁两宫太后的压力下，王安石请求离任。惠卿指使他的党羽变换姓名，每日投匦上书挽留王安石。王安石力荐韩绛为相以代其位并以吕惠卿为参知政事辅佐韩绛，吕惠卿害怕安石离任后，新法必定动摇，于是遍发书信给各监司、郡守，让他们上书陈述利害向皇帝施压，然后从容地请求皇帝下诏，表明始终不因官吏违法而废除新法。因此，王安石新法得到更坚决地推行。
初掌大权
熙宁七年（1074年）五月，为在皇帝身边施加影响力，尽管其弟弟馆阁校勘吕升卿不学无术，吕惠卿却依旧推荐他和国子监直讲沈季长一同为崇政殿说书，每每进宫侍讲，吕升卿总是舍弃经义不谈而论钱财货物，神宗有时问之以经义，吕升卿不能应对，便立刻示意沈季长从旁代为回答。
同在五月，废罢制科，王安石执政时考进士已不考诗赋，王安石认为进士所考与制科无异，不必有制科之试，到吕惠卿执政时，再次提出制科只有记诵，却不深究经义，于是宋神宗下诏废罢制科。但是当时的冯京却极力反对这项决定，虽未成功，却因此与吕惠卿结下怨恨。
六月，郑侠上书说吕惠卿结党为奸，堵塞言路，认为他是还未除尽的奸人。吕惠卿大怒并命中丞邓绾、知制诰邓润甫惩治他，郑侠被谪放至汀州。
七月，吕惠卿又采用弟弟曲阳县尉吕和卿的计谋，制定五等丁产簿，让百姓自报家财，连一两只家中禽畜都不许遗漏。还允许他人告发隐瞒家产者，用被告者财产的三分之一充赏告发的人，百姓不胜其困。又靠保甲正长发放青苗钱，还让保甲内的人一同前往官府认领，不得遗漏一人，以至于上下骚动。
朝争失败
熙宁八年（1075年），利用郑侠一案，吕惠卿又乘机构陷曾阻挠自己废罢制科的冯京和当面侮辱过他的王安国，让他们都因此事而获罪。
王安石也因王安国的原因开始和吕惠卿产生矛盾。吕惠卿却早在掌权后便担心王安石回朝威胁自己权位而开始采取种种办法陷害王安石，熙宁七年（1075年）十一月，吕惠卿援引祭祀赦免的旧例，荐王安石为节度使。刚递上奏章，皇帝便知道了他的想法，立刻问他：“安石不是因罪去官，为何要用赦免的方式复官。”吕惠卿无言以对。
熙宁八年（1075年）二月，因同平章事韩绛不能制住吕惠卿，因此秘密请皇帝重新启用王安石，神宗同意，次日便派遣使者去下诏召回王安石，安石不推辞，加紧赶路，七日便到了京师，吕惠卿知晓王安石回朝后感到非常愕然。
六月，加王安石之子王雱为龙图阁直学士，王雱推辞这道任命，而吕惠卿却力劝神宗应允了他的辞呈，于是王、吕二人的矛盾再次加深。
十月，吕惠卿的弟弟崇政殿说书吕升卿因罪事而被遣出京师改任江南西路转运副使。不久，御史蔡承禧又论他结党误国等数件罪恶，御史中丞邓绾又告发他的兄弟强借华亭县富民钱五百万与知县张若济买田地一同作恶，并将这两人一同下狱审问。不久后便下诏让吕惠卿出京知陈州，不久后又改知延州。
辗转边州
元丰二年（1079年）三月，吕惠卿正任鄜延路经略使，当时陕西沿边汉蕃兵各自为军，每有战役就由蕃军做前锋，汉兵守城，而不以战场形势分兵，而且每一路都由数位将领一起率领。他认为这种制度造成了调发兵力不能迅速集结，于作战不利，于是改变旧法，混编汉蕃军，推广置将法，每五千人设置军屯还设一将领，并把这些都立在条约上。
不久，吕惠卿母亲去世，诏令在他的本俸外特加钱财五万缗，吕惠卿又申请增加开支一万五千缗，御史因此举而弹劾他贪婪，皇帝说：“吕惠卿固然贪婪，但他曾为参知政事，治他的罪有伤体面，姑且责其不义便可。”但即使只是罚去了他的俸禄，吕惠卿还依旧自辩。御史又弹劾他正服丧而不应有言论，皇帝却下诏不必责问他。
元丰五年（1082年），吕惠卿母丧后被加官为大学士、知太原府。入宫觐见时，神宗仍命他镇守鄜延路。吕惠卿却道：“陕西之师，不仅不能进攻，亦不能防守，主要依靠形势如何发展。”皇帝说：“如你所言，意为陕西可以放弃，怎能委你守边？”又列举他种种浅薄暴躁欺蒙之罪，斥退他知单州，明年又知太原。
元丰八年（1085年）三年，宋神宗驾崩，宋哲宗即位，下诏告诫守边官员勿挑起边衅。四月，知太原府吕惠卿却派步、骑二万人在聚星泊袭击夏人，斩首六百级，造成西夏人入侵鄜延路。
旧党打压
哲宗即位后，保守党逐渐把持朝政，吕惠卿作为新法中的先驱，自知不被容于朝堂，于是恳求任官于外郡。元祐元年（1086年）五月右司谏苏辙上奏弹劾他，说他有妄图株连公卿、背叛恩师王安石、施行青苗等种种恶政数桩罪状。御史中丞刘挚又列举他五条罪状，认为他是大恶之人，于是吕惠卿由资政殿大学士、正议大夫、提举嵩山崇福宫被贬为中散大夫、光禄卿、分司南京。
吕惠卿被判贬至南京后，不到十日，王岩叟、朱光庭、王觌、苏辙等人又认为他被贬至南京不足以彰显他的罪恶，降四官并分司南京只是轻惩，而吕惠卿此人应用重典，不能用正常的法制来惩治他。于是吕惠卿又被加罪贬为建宁军节度副使，而且不得办理所任官的公事。
绍圣复官
绍圣元年（1094年）八月，高太后去世后，哲宗亲政，又开始启用原先被弃置的新党。八月，三省呈递上了吕惠卿、王中正、宋用臣三人的无罪状，时任宰相章惇说：“吕惠卿被惩极其无名。”皇帝便让吕惠卿复原职。十月，又以吕惠卿知大名府。”
绍圣二年（1095年）二月，吕惠卿乞求留在京师。皇帝认为得资政殿大学士已是要员，且大名府也是要地，又问宰相章惇吕惠卿是否启程。曾布、韩忠彦都说君子进退自如，吕惠卿乞留是无耻之举。哲宗也仅置之一笑。十一月，吕惠卿入宫奏对后，皇帝后对曾布说：“吕惠卿极其凶横，其弟吕升卿也是。”
绍圣三年（1096年）十月，西夏大举入侵鄜延路，即将以全军围困延安，惠卿修缮米脂诸寨迎敌。西夏军至延州，想进攻却无法靠近城寨，想抢掠则一无所得，想叫阵则诸将按兵不动，想南下则怕腹背受敌。停了两天夏军就拔营而去，趁机攻陷了金明，吕惠卿将金明被攻陷之事上报枢密院却无回应。
战事刚刚结束，吕惠卿便上表请求进京奏事，章惇对曾布说：“战事刚刚结束，吕惠卿真可谓不知缓急。”李清臣说：“他或许有借此事重回朝堂之意，我辈危矣。”十一月，进呈吕惠卿的奏章，哲宗问惠卿为何道理可以还朝，众人皆答曰不可，于是皇帝下诏让惠卿不必进京，有事条陈即可。
因修筑了威戎、威羌二城而升为银青光禄大夫，吕惠卿又被拜为保宁、武胜两军节度使。
晚年起落
宋徽宗即位后，调吕惠卿节度镇南。因曾布与他有宿怨，他又被迁到杭州为官，而用范纯粹守延州，并追究他冒领边功之事，又被夺去节度之职。曾布罢相，他被起复为武昌节度使，知大名府。几年后，又因上表中措辞失当而降官为银青光禄大夫，令其辞官。
崇宁五年（1106年），起用他为观文殿学士、知杭州。其子吕渊因为听到妖人张怀素的话却不揭发而获罪，吕渊发配沙门岛，吕惠卿则被追责为祁州团练副使，宣州安置，又转到庐州。后来又被恢复为观文殿学士，任醴泉观使，从此任上致仕。死后，追赠为开府仪同三司。后追谥“文敏”。
因之前吕惠卿是依靠王安石的信任一路走到副宰相之位，而王安石离任后却又极力打击王安石，甚至拿出和安石的私信来诋毁他，王安石退处金陵后，也深悔错信了吕惠卿。所以后来无论是章惇、曾布、蔡京中的谁当政，都会因为厌恶害怕其品性而不敢引其入朝，于是他一直在朝外辗转为官至去世。
无人肯作除非乞，没药堪医最是风。求乞害风都占断，算来世上少如公。
剪叶疏封意，归禾协济心。遗风固唐远，积德本周深。
逝水悲兴废，浮云阅古今。祠宫尚翚翼，鸣玉漱松阴。