图牧吉国家级自然保护区自然博物馆位于扎赉特旗图牧吉国家级自然保护区办公楼西9公里处，建筑面积500㎡。建于2003年，2006年6月正式开馆，共收集动物标本55种147件，植物标本60件，墙壁鸟类图片70件。自然博物馆致力于“标本收藏、科普教育、科学研究、观赏娱乐”为一体，采取高科技的声、光、电等手段，模拟自然界中鸟兽的生活状态，力图再现图牧吉草原和湿地生态系统原貌，是了解保护区的一个重要窗口。
自然博物馆分序厅、大鸨厅、生态厅、植物标本及图片展厅、电教室和警示厅。序厅内有反映保护区全貌的沙盘，从这里可以了解到保护区的面积、区域类型、鸟类资源分布等情况；大鸨厅全程再现了大鸨从育雏到成鸟的过程；生态厅展示了保护区丰富的动物资源，尤其是充分展示了珍稀鸟类在保护区嬉戏、追逐、啄食的生活形态；植物标本及图片展厅展示了保护区丰富、珍稀的植被资源；电教厅可容纳百余人观看科普宣传教育片；警示厅展示了由于人们乱捕滥猎造成的严重后果，警醒人们要珍爱自然、珍爱生命。
博物馆常年向青少年学生免费开放，利用大自然的独特风光，通过图片、标本、实物、模型等形式进行爱国主义教育。2011年11月被内蒙古自治区党委宣传部命名为自治区级爱国主义教育示范基地。
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